明清时期是中国风水学发展的巅峰阶段，理气派在此时期不仅分支林立、著作繁兴，更出现了玄空学这一影响深远的核心支脉。

理气派不再孤立存在，而是与形势派形成互补。实践中逐渐形成"形势为体，理气为用"的共识——先以形势派定山川大局，再以理气派调方位细节。如故宫布局，既取背山面水的形势格局，又以"子午兼癸丁"坐向契合元运理气。

玄空学是明清理气派最重要的理论突破，被誉为"做风水不学玄空，到老一场空"。其发展经历了从"秘传口授"到"著书公开"的关键转折。

蒋大鸿是玄空学的理论奠基人。他著有《地理辨正》（又称《地理辩证》），系统注解《青囊经》《青囊奥语》《天玉经》《都天宝照经》等五本古经，以挨星飞星为理气核心，整合玄空理论。

然而，蒋大鸿唯恐"天机泄露"，行文"辞隐意晦"，多用隐语口诀，导致后人难以通晓。他立规"天律有禁，不得妄传"，其门徒姜垚也强调"得吾术者，时时当凛天律之可畏"。这种秘传心态，使玄空学在清代长期局限于师徒口传心授。

真正将玄空学公开于世的是清末浙江人沈竹礽。他以重金购得章仲山后裔所传的秘诀，结合多年研究，著成《沈氏玄空学》及《宅运新案》，将玄空飞星的原理、排盘方法、断事技巧以浅显文字系统公开。《沈氏玄空学》至今仍是玄空飞星派的经典教材。

八宅派在明清时期著作繁盛，形成完整体系。其理论以八卦配八宅，将人按出生年命分为东四命、西四命，住宅分为东四宅、西四宅，主张"宅命相配"。

明代：王君荣《阳宅十书》是八宅派阳宅理论的重要汇编

清代：赵九峰《阳宅三要》提出阳宅三要素——门、房、灶，成为阳宅风水的经典操作框架，影响至今

明代缪希雍《葬经翼》将中医学"气""脉"理论引入风水，以"望、闻、问、切"类比探穴过程，提出"相地如相人"，丰富了理气派的医学化阐释。

明清时期罗盘层数不断增加，将八卦、二十四山、六十龙、七十二穿山、二十八宿、九星、三元九运等信息层层叠加，成为理气派"以方位定生克"的精密工具。明代徐之镆《罗经顶门针》即为代表。

明清两代风水论著"繁杂纷呈"，各派自立门户，互相攻讦，加之伪书泛滥，使初学者"无所适从，常因真伪理论的矛盾而被困惑"。

玄空派等秘传法门强调"择人而授"，蒋大鸿、马泰清等均以"天律"为由严控传播。但晚清以来，随着城市化与商业发展，堪舆师逐渐将授徒作为生财之道，甚至登报招徒，传统禁忌逐步解体。

尽管理气派内部分支众多，但明清大趋势是向"形理合一"回归。无论哪一派，真正的风水大家都开始取长补短，将形势派的"龙穴砂水"与理气派的"元运飞星"结合使用。

这一时期奠定了近现代风水学的基本格局，使理气派从宋代的"福建学派"发展为全国性的主流方法论。